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文獻解讀

南京集思慧遠客戶發表《枇杷SWEET家族成員的鑒定和對外界誘導的響應》

幸运飞艇官方开户FABURIQI:2019-03-17 LIULANCISHU:537


枇杷


  分類地位:薔薇科,蘋果亞科,枇杷屬

  枇杷原產中國東南部,因葉子形狀似琵琶樂器而名。


 摘要

  植物SWEET家族是一個糖轉運家族,在植物發育中扮演重要角色。本研究中,通過RNA-seq鑒定了7個枇杷的SWEET家族成員。分別命名為EjSWEET1,EjSWEET2a, EjSWEET2b, EjSWEET2c,  EjSWEET4,  EjSWEET15,  and  EjSWEET17。系統進化樹和功能注釋預測分析顯示:枇杷SWEET家族有蔗糖、葡萄糖和果糖轉運功能。通過對7月齡的枇杷幼苗施加高濃度的糖或鹽,研究枇杷SWEET家族對外源糖或NaCl的響應。結果顯示:大多數枇杷SWEET家族基因能夠響應外源施加的蔗糖、葡萄糖、果糖和鹽。


  材料與方法

  1、植物材料

  本研究采用“Zaozhong6”栽培種作為研究材料,將種子播種在土壤,待其長到10~~15cm時,選取90棵相同大小的植株隨機分成15組,每組6棵,分別施加500mL的1M 蔗糖,葡萄糖和果糖,以及0.4M的鹽溶液,對植株進行處理,施加等體積的水作為對照。在處理后的0, 4和8小時,收集嫩葉。


  2、RNA的提取和測序

  提取RNA,構建文庫,用Illumina  HiSeq2000進行高通量測序。


  3、測序數據的分析

  轉錄組數據組裝、拼接,獲得Unigene ,然后對其進行GO,COG,KOG,KEGG注釋。,找到了差異表達基因SWEET基因家族,對其進一步分析,運用在線數據庫預測其可能的蛋白功能。


  4、SWEET家族系統發育進化樹分析

  從數據庫中下載已鑒定的植物SWEET序列,然后對其進行多重比對,系統發育進化樹用MEGA6.0分析和作圖。


  5、qRT-PCR表達分析

  用熒光定量方法對枇杷的SWEET家族成員在各種外源脅迫下的表達模式進行分析。


  結果

  1、SWEET家族基因的鑒定



  2、SWEET基因家族蛋白結構域預測


  利用在線數據庫預測SWEET基因的蛋白結構


  3、SWEET家族系統發育進化樹分析


  用MEGA 6.0構建系統進化樹


  4、SWEET的組織特異性表達分析


  5、SWEEET家族基因對外源糖脅迫的響應


  6、SWEEET對鹽脅迫的響應


  文章點評

  本研究對枇杷處理后,利用轉錄組測序數據尋找與外源脅迫相關的差異表達基因,然后用熒光定量實驗進行驗證,獲得實驗預期結果,屬于常規思路。如果能夠通過過表達或敲除相關基因來檢測糖含量與正常植株的差異,進一步證明相關基因的功能,將更有研究意義。


  參考文獻

  Characterization of SWEET family members from loquat and their responses to exogenous induction[J].2017.  Tree Genetics & Genomes ,IF=1.624