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知識"集"|代謝組學常用數據庫之HMDB

幸运飞艇官方开户FABURIQI:2019-12-17 LIULANCISHU:101

       上期,小編已經給大家介紹了代謝組學常用數據庫之-KEGG,本期將著重介紹一下HMDB(Human Metabolome Database,人類代謝組學數據庫)。

       人類代謝組數據庫(www.hmdb.ca)是一個基于Web的代謝組學數據庫,其中包含有關人類代謝物及其生物學作用,生理濃度,疾病關聯,化學反應,代謝途徑和參考光譜的全面信息。


       2007年,HMDB被認為是人體代謝研究的標準代謝資源。在過去的十年中,HMDB繼續增長和發展,以響應代謝組學研究人員的新需求和網絡標準的持續變化。2018年的更新,HMDB 4.0-是對數據庫歷史上最重要的升級。例如:完全注釋的代謝物數量增加了近3,實驗光譜的數量增長了近4倍,插圖中的代謝途徑數量增長了近60倍。HMDB的化學分類,化學本體論,光譜查看和光譜/文本搜索工具也得到了重大改進。HMDB 4.0還添加了許多全新數據,這包括大量預測的MS/MS和GC-MS參考光譜數據,以及預測的(生理上可行的)代謝物結構,以促進新的代謝物鑒定。相較于以前版本,4.0版新增了6777個代謝物—SNP互作關系,2497個代謝物—藥物互作關系和18192個代謝反應。HMDB網站的內容、界面和性能已經取得了許多其他重要改進,這些應用將極大地增強其易用性和潛在的應用在營養生物化學臨床化學臨床遺傳學醫學代謝組學科學中。


       人類代謝數據庫(HMDB)是一個全面的、免費的網絡資源,包含了有關人體代謝物的詳細信息。人體代謝物是指在人體內發現的小分子,包括肽、脂類、氨基酸、核酸、碳水化合物、有機酸、生物胺、維生素、礦物質、食品添加劑、藥物、化妝品、污染物,以及人類攝入、代謝、分解或接觸的任何其他化學物質。代謝組學的發展(即代謝體的研究)的關鍵是代謝組學數據庫的開發。就像基因組學和蛋白質組學依賴于GenBank和UniProt中的參考序列來注釋基因和蛋白質一樣,代謝組學也至關重要地依賴于參考化合物數據和參考光譜數據來注釋代謝物。盡管存在許多“代謝”數據庫,例如KEGG,Reactome和Cyc數據庫,但真正的“代謝組學”數據庫卻相對較少。一些較著名的代謝組學數據庫包括Metlin,MetaboLights,Metabolomics Workbench,Lipid Maps和HMDB。


       通常代謝組學檢測結果中同學們會拿到代謝物質定性列表,從這個定性列表中,至少咱們肯定能夠獲得的信息便是代謝物名稱,若要了解這些代謝物的更多詳細信息(分子式、精確分子量、CAS號、物質分類等),咱們可以利用代謝物名稱(如:Rutin蘆丁)在HMDB數據庫進行檢索,得到結果如下(http://www.hmdb.ca/metabolites/HMDB0003249):



◆◆1、定性信息◆◆



◆◆2、物質分類◆◆



◆◆3、標準譜圖信息◆◆





◆◆4、其他數據庫鏈接◆◆



       當然,除了這些我們常用的一些檢索之外,HMDB數據庫的資源還有待于更深入的挖掘,同學們要是感興趣可以嘗試體驗一下。跟著小編一起學知識掌技能。