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文獻解讀

集思慧遠客戶發表文章《小白菜de novo轉錄組測序揭示高溫脅迫下的關鍵基因》-2016-Acta Physiol Plant-1.563

FABURIQI:2019-03-20 LIULANCISHU:440

  Hai Xu, Longzheng Chen, Bo Song, Xiaoxue Fan, Xihan Yuan, Jinfeng Chen.  

  De novo transcriptome sequencing of pakchoi (Brassica rapa L. chinensis) reveals the key genes related to the response of heat stress.

  2016, Acta Physiol Plant, IF=1.563.  

  State Key Laboratory of Crop Genetics & Germplasm Enhancement, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China  

  Institute of Vegetable Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014, China

  

  摘要:  

  小白菜是一種生長在世界各地的重要植物,喜歡涼爽的氣候,其生長會被夏季高溫嚴重影響。對小白菜高溫脅迫的分子調控機制知之甚少。基因序列有限的可用性極大地影響了分子育種和功能基因組分析。在這項研究中,我們對高溫脅迫下的小白菜進行了RNA-seq。最后,得到64.29M的clean reads,包括32666條unigene,N50長度為1405 bp,總長度為33.39Mb。共得到11024個SSR標記,位于8404條unigene。這些發現對分子標記輔助育種非常有用。在高溫組(TH)和對照組(CK)之間共有1220個差異表達基因,其中699個上調,521個下調。GO富集分析表明,12個GO亞類和9個KEGG通路顯著富集。六個差異表達基因的熒光定量PCR結果進一步驗證了RNA-seq的可靠性。本文首次用轉錄組分析高溫脅迫小白菜的綜合特性。鑒定得到幾個響應高溫脅迫的重要基因,并討論了它們在熱應激反應中的作用。總之,我們的研究揭示了小白菜的轉錄組。此外,為未來的基因組和高溫脅迫的遺傳研究提供了重要的資源。

  

  材料與方法:

  

  材料:小白菜耐熱自交系幼苗。

  取材方法:三周齡的幼苗暴露于高溫(38/30℃,白天/夜晚)120h,對照組(28/20℃,白天/夜晚)。收集葉片,設三個生物學重復。  

  測序策略和分析流程:  

  測序:Illumina HiSeq 2000,PE 101bp

  分析:P值計算:DEseq program

  

  GO富集:Blast2GO

  SSR標記開發:The Microsatellite identification software

  

  研究結果:

  

  1、小白菜的RNA測序和de novo組裝

  


  

  2、SSR位點的鑒定與特性分析

  

  

  3、高溫脅迫和對照組小白菜的DEGs分析

  

  

  4、GO富集和通路分析揭示與高溫脅迫相關的關鍵DEGs

  

  GO富集分析DEGs。

  

  KEGG富集分析DEGs。

  

  

  5、采用實時熒光定量PCR驗證基因表達