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文獻解讀

集思慧遠客戶發表文章《睡蓮GRAS轉錄因子家族的全基因組鑒定和特性描述》-2016-peerJ-2.183

幸运飞艇官方开户FABURIQI:2019-03-20 LIULANCISHU:556

  Yu Wang, Shenglu Shi, Ying Zhou, Yu Zhou, Jie Yang and Xiaoqing Tang.  

  Genome-wide identification and characterization of GRAS transcription factors in sacred lotus (Nelumbo nucifera).  

  Peer J. 2016, IF= 2.183  

  College of Horticulture, Nanjing Agricultural University, Nanjing, Jiangsu, China  

  Institute of Food Crops, Jiangsu Academy Agricultural Sciences, Nanjing, Jiangsu, China

  

  摘要:  

  GRAS是一類重要的植物特定的基因家族,可編碼轉錄因子,在植物發育和生理過程中起重要作用。GRAS基因家族已在許多高等植物如擬南芥、水稻、白菜、番茄和煙草中鑒定并研究。在這項研究中,我們確定了睡蓮中的38個GRAS基因,分析其物理、化學特性,并用八個有代表性植物的GRAS基因進行了系統進化分析。此外,還描述了GRAS的基因結構和motifs。對比分析鑒定得到睡蓮和擬南芥之間有42個直系同源基因和9個共生直系同源基因,睡蓮和水稻之間有35個直系同源基因和22個共生直系同源基因。基于已公開的睡蓮的葉片、葉柄、根莖、根的RNA-Seq數據,發現大多數的睡蓮GRAS基因具有組織特異性的表達模式。NnuGRAS-05,NnuGRAS-10和NnuGRAS-25在根莖和根中特異表達。總之,本研究首次對睡蓮的GRAS基因家族進行生物信息學分析,這將對進一步分析這一重要基因家族的分子生物學提供有價值的信息。

  

  研究結果:

  

  1、鑒定睡蓮中的GRAS基因

  

  

  2、7個代表植物的GRAS基因系統發育樹

  

  

  3、基因結構分析

  

  

  4、保守motif

  

  

  5、直系同源基因分析

  

  

  6、時空特異性表達分析

  

  

  亮點分析:

  

  本研究幾乎沒有花費實驗費用,完全利用數據庫公開的睡蓮基因組和轉錄組數據,結合生物信息學分析手段,對睡蓮GRAS家族進行了鑒定、分析了理化性質、構建了系統發育樹、描述了基因結構和motif、鑒定了與模式物種中的直系同源基因和共生直向同源基因、基于公開數據庫分析了GRAS 轉錄組因子家族的時空特異性表達模式。