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文獻解讀

集思慧遠客戶發表文章《雞爪槭de novo轉錄組測序及綜合分析鹽脅迫下的差異表達基因》

FABURIQI:2019-03-20 LIULANCISHU:463

  Liping Rong, Qianzhong Li, Shushun Li, Ling Tang, Jing Wen.  

  De novo transcriptome sequencing of Acer palmatum and comprehensive analysis of differentially expressed genes under salt stress in two contrasting genotypes.

  2016, Mol Genet Genomics, IF=2.622  

  Institute of Horticulture, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences/Jiangsu Key Laboratory for Horticultural Crop Genetic Improvement, Nanjing, China

  

  摘要:  

  楓葉(雞爪槭)是全球重要的綠化景觀。鹽脅迫直接影響楓葉的正常生長,從而喪失審美價值。然而,有限的可用楓葉基因組信息阻礙了對其耐受性機制的研究。在這項研究中,我們用RNA-seq,綜合分析楓樹的耐鹽性。共得到約146.4M的雙端reads,有181769個unigenes。N50長度為738 bp,總長度超過102.66 Mb。鑒定得到14090個簡單重復序列和超過50萬個SNP位點,有利于標記開發。共檢測到181769個基因,其中鹽感性和耐鹽性之間有303個差異表達基因(DEGs)。在這些差異表達基因中,125個上調、178個下調。最顯著的前十個下調基因中有兩個MYB相關的蛋白和一個LEA蛋白。最顯著的前十個上調基因中檢測到一個甲基轉移酶相關基因。最顯著富集的三個通路是植物激素信號轉導、精氨酸和脯氨酸代謝、光合作用。轉錄組分析提供了楓葉及相關物種中耐鹽相關基因豐富的遺傳資源。這些數據將作為一個重要的公共信息平臺,以進一步了解楓葉耐鹽性的分子機制。

  

  材料與方法:

  材料:鹽敏感和耐鹽性的楓葉幼苗。

  取材方法:幼苗轉入霍格蘭營養液,在溫室環境下培養15天后,用0.5%的NaCl處理10天。收集葉片,設三個生物學重復。

  測序策略和分析流程:  

  測序:Illumina HiSeq 2000  

  分析:微衛星重復序列軟件:MISA

  SNP鑒定:SOAPsnp  

  比對:TopHat、Bowtie  

  RPKM值:RSEM程序  

  GO富集:Blast2GO  

  差異表達水平聚類:Cluster program  

  皮爾森相關系數:R script  

  預測基因編碼區:Getorf

  

  研究結果:

  

  1、楓葉的RNA測序和de novo組裝

  


  

  2、抗病育種的SSR和SNP標記的開發

  

  

  3、鹽感性和耐鹽性楓葉的DEGs分析

  

  DEGs的qRT-PCR驗證

  

  DEGs的層析聚類分析

  

  

  4、Unigene和DEGs的GO富集

  

  TOP 10上調和下調的差異基因表達量