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文獻解讀

集思慧遠客戶發表文章《長苞鐵杉完整的葉綠體基因組》

幸运飞艇官方开户FABURIQI:2019-03-18 LIULANCISHU:511

  摘要  

  長苞鐵杉是中國特有的瀕臨滅絕的針葉林種。本文利用高通量測序完成了一個長苞鐵杉品種的葉綠體基因組的組裝。組裝出完整的葉綠體基因組大小為120,900bp,其中包含一段34,239bp的反向重復區域。基因組共包含127個基因(88個編碼蛋白的基因、34個tRNA以及5個rRNA),這些基因組大多數都是單拷貝,然而其中29個編碼蛋白基因、11個tRNA和1個rRNA是多拷貝。AT堿基含量占葉綠體基因組的60.6%,通過對20種裸子植物的葉綠體基因組構建進化樹結果表明所有松科植物聚類到一個單支,而長苞鐵杉和鐵杉的親緣關系最近。這項研究為未來瀕臨滅絕的地方性植物的基因組信息的獲取提供研究方向。

  

  材料方法  

  Tsuga longibracteata W. C. Cheng單株的新鮮葉片;  

  測序平臺:Illumina Hiseq4000 PE150,15.3M PE reads(平均覆蓋深度185X);參考葉綠體基因組:鐵杉(GenBank: LC095866);組裝:NOVOPlasty;基因組注釋:CpGAVAS;物理圖:OGDRAW;20種葉綠體基因組alignment:MAFFT;NJ樹:MEGA6.0;

  

  研究結果  

  1、葉綠體基因組組裝及注釋結果

  長苞鐵杉葉綠體基因組(120,900bp),大單拷貝區域(LSC)49,136bp,小單拷貝區域(SSC)10,426bp,88個編碼蛋白的基因、34個tRNA以及5個rRNA

  

  2、裸子植物基因組系統發育樹構建

  

長苞鐵杉屬于松科-冷山亞科,與鐵杉的親緣關系最近

  

  文章總結

  對在中國瀕臨滅絕的長苞鐵杉進行葉綠體基因組測序,組裝出完整的葉綠體基因組并完成注釋,保留了該物種的葉綠體基因組資源。通過與其他多種裸子植物的葉綠體基因組比較,構建系統發育樹,結果表明長苞鐵杉和鐵杉的親緣關系最近,符合生物學分類。為今后鐵杉屬其它物種葉綠體基因組研究提供方法和基礎。

  

  參考文獻

  Characterization of the complete chloroplast genome sequence of Tsuga longibracteata W. C. Cheng (Pinaceae) [J] Conservation Genetics Resources.2018.IF=0.47